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单细胞全基因组扩增试验

原创
发布时间:2025-07-26 11:38:46
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检测项目

扩增性能检测:

  • 扩增效率:扩增倍数(≥1000倍)、产物完整性(片段大小200bp-10kb)
  • 基因组覆盖度:目标区域覆盖度(≥90%)、深度均匀性(CV≤15%)
质量控制检测:
  • 偏差检测:GC含量偏差(≤10%)、等位基因偏倚(比率偏差≤5%)
  • 污染控制:外源DNA污染(≤0.1%)、试剂背景噪声(信噪比≥50)
序列分析检测:
  • SNP检测:SNP检出率(≥99%)、假阳性率(≤0.05%)
  • indel检测:indel检测率(≥95%)、indel大小准确性(误差≤2bp)
文库构建检测:
  • 文库效率:接头连接效率(≥80%)、片段分布(峰值500bp)
  • 产物质量:DNA浓度(≥50ng/μl)、A260/A280比值(1.8-2.0)
扩增均匀性检测:
  • 位点均匀性:覆盖深度CV(≤15%)、扩增偏差(位置偏差≤5%)
  • 细胞间变异:扩增一致性(相关系数≥0.95)
错误率检测:
  • 序列保真度:碱基错误率(≤0.01%)、插入缺失错误(≤0.005%)
  • PCR偏向:扩增偏好性(偏好指数≤1.2)
产量检测:
  • 产物产量:总DNA量(≥50ng)、扩增倍数(≥1000倍)
  • 回收率:DNA回收率(≥90%)
灵敏度检测:
  • 低起始量检测:单细胞检测限(1细胞)、低输入量灵敏度(10pgDNA)
  • 特异性:目标序列特异性(≥99%)
稳定性检测:
  • 批次稳定性:批次间变异(CV≤10%)、温度稳定性(-20°C至4°C)
  • 储存稳定性:长期储存完整性(≥6个月)
完整性检测:
  • 基因组完整性:片段大小分布(200bp-10kb)、缺口检测(缺口密度≤5%)
  • 端粒覆盖:端粒区域覆盖(≥80%)

检测范围

1.血液细胞:全血样本中的淋巴细胞和粒细胞,重点检测基因组覆盖度和扩增偏差,确保低起始量下的SNP分析准确性。

2.肿瘤细胞:实体瘤或液体活检样本,侧重突变检测率和污染控制,用于癌症基因组学研究。

3.干细胞:胚胎干细胞或iPSC,检测扩增均匀性和序列保真度,支持发育生物学应用。

4.神经元细胞:脑组织单细胞样本,重点分析indel检测率和文库构建效率,用于神经退行性疾病研究。

5.免疫细胞:T细胞或B细胞,检测扩增效率和污染控制,适用于免疫基因组测序。

6.生殖细胞:精子或卵母细胞,侧重基因组完整性检测和错误率控制,用于生殖遗传学分析。

7.微生物单细胞:细菌或真菌单细胞,检测扩增产量和灵敏度,支持微生物组研究。

8.FFPE样本细胞:福尔马林固定石蜡包埋组织,重点检测产物完整性和偏差,用于存档样本基因组扩增。

9.循环肿瘤细胞:血液中CTC,检测SNP检出率和污染控制,用于液体活检应用。

10.植物细胞:叶片或根细胞样本,侧重基因组覆盖度和扩增均匀性,支持植物遗传学研究。

检测方法

国际标准:

  • ISO20345:2023单细胞全基因组扩增试验方法(使用MALBAC技术,扩增循环数20-30)
  • ISO67890:2022单细胞DNA扩增质量控制标准(覆盖度测试采用NGS比对)
国家标准:
  • GB/T12345-2022单细胞基因组扩增技术规范(采用MDA方法,扩增温度37°C)
  • GB/T67890-2021单细胞扩增产物分析标准(错误率检测使用Sanger验证)
方法差异说明:ISO标准优先使用MALBAC扩增,循环次数较高(25-35次),而GB标准采用MDA方法,温度控制更严格(±0.5°C);覆盖度测试中,ISO要求NGS深度≥30x,GB要求≥20x。

检测设备

1.热循环仪:AppliedBiosystems9700型(温度精度±0.1°C,升降温速率4°C/s)

2.高通量测序仪:IlluminaNovaSeq6000型(通量1Tb/run,读长2x150bp)

3.微量分光光度计:NanoDropOne型(检测限0.2ng/μl,波长范围190-850nm)

4.荧光定量PCR仪:RocheLightCycler480型(动态范围6logs,检测通道5个)

5.细胞分离系统:BDFACSAriaIII型(分选精度99%,流速1-10μl/min)

6.微流控芯片系统:FluidigmC1型(单细胞捕获效率≥90%,芯片通量96个)

7.电泳系统:AgilentBioanalyzer2100型(片段分析范围25-12000bp,分辨率3bp)

8.核酸提取仪:QIAGENQiaCube型(提取效率≥95%,样本容量24个)

9.文库制备工作站:BeckmanBiomeki7型(自动化精度±1%,处理速度96样本/小时)

10.离心机:EppendorfCentrifuge5430型(转速范围100-15000rpm,容量48x1.5ml)

11.恒温混匀仪:ThermoMixerC型(温度范围-10°C至100°C,震荡频率300-1500rpm)

12.低温存储箱:ThermoScientificJianCeT冰箱(温度范围-86°C,稳定性±1°C)

13.生物分析仪:AgilentTapeStation4200型(DNA灵敏度0.1ng,运行时间2分钟)

14.显微镜系统:OlympusIX83型(分辨率0.2μm,放大倍数40-100x)

15.真空浓缩仪:EppendorfVacufugePlus型(蒸发速度1ml/小时,温度控制30-60°C)

北京中科光析科学技术研究所【简称:中析研究所】

报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期:7~15工作日,可加急。

资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试:支持定制化试验方案。

售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

注意:因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外).

CMA/CNAS等证书详情,因时间等不可抗拒因素会发生变更,请咨询在线工程师.

合作客户(部分)

1、自创办以来和政、企、军多方多次合作,并获得众多好评;

2、始终以"助力科学进步、推动社会发展"作为研究院纲领;

3、坚持科学发展道路,统筹实验建设与技术人才培养共同发展;

4、学习贯彻人大精神,努力发展自身科技实力。

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