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果树遗传多样性试验

原创
发布时间:2025-07-14 14:05:09
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检测项目

分子标记检测:

  • SSR分析:位点数量(≥10loci)、等位基因频率(0.1-0.9,参照ISSR标准)
  • SNP分型:变异位点数量、最小等位基因频率(MAF≥0.05)
DNA序列分析:
  • 全基因组测序:覆盖率(≥30x)、序列一致性(≥99.8%)
  • 靶向区域测序:插入缺失检测(INDEL≤5bp)、GC含量偏差(±10%)
表型性状测试:
  • 果实形态:果径变异系数(CV≤15%)、果皮厚度(0.5-2.0mm)
  • 叶片特征:叶面积指数(LAI≥3.0)、叶柄长度(10-50mm)
群体遗传参数:
  • 杂合度计算:期望杂合度(He≥0.6)、观测杂合度(Ho)偏差(±0.1)
  • 遗传距离测定:Nei's遗传距离(D≥0.05)、Fst统计量(Fst≤0.25)
亲缘关系分析:
  • 系谱重建:共祖系数(≥0.8)、亲子鉴定准确率(≥99%)
  • 聚类分析:树状图分支支持率(bootstrap值≥70)
基因表达分析:
  • RNA-seq检测:差异表达基因数量(foldchange≥2)、FPKM值(≥1.0)
  • qPCR验证:Ct值变异(CV≤5%)、扩增效率(90-110%)
染色体核型分析:
  • 核型参数:染色体数目(2n=34)、臂比指数(1.5-2.5)
  • 异常检测:易位频率(≤0.1%)、缺失片段大小(≤10kb)
突变检测:
  • 点突变筛查:突变频率(≥0.01%)、错义突变比例(≤20%)
  • 拷贝数变异:CNV区域长度(≥1kb)、拷贝数变化(foldchange≥1.5)
适应性测试:
  • 环境响应:胁迫耐受指数(≥80)、光合速率变异(±10%)
  • 生长参数:株高年增量(50-100cm)、根系生物量(≥200g)
遗传资源评价:
  • 多样性指数:Shannon指数(I≥1.5)、Pielou均匀度(J≥0.7)
  • 核心种质筛选:保留率(≥90%)、代表性阈值(≥0.8)

检测范围

1.苹果树种质资源:涵盖Malusdomestica品种,重点检测果实性状遗传变异和抗病基因关联

2.梨树种质资源:涉及Pyrus属资源,重点检测花器官形态多样性和低温适应性

3.桃树种质资源:Prunuspersica材料,重点检测果实成熟期遗传控制和品质参数

4.柑橘树种质资源:Citrus属样品,重点检测抗黄龙病基因型和精油成分变异

5.葡萄树种质资源:Vitisvinifera资源,重点检测糖酸比遗传基础和抗真菌性状

6.樱桃树种质资源:Prunusavium样本,重点检测开花时间同步性和果核大小遗传力

7.杏树种质资源:Armeniacavulgaris材料,重点检测休眠期调控基因和果实硬度

8.李树种质资源:Prunussalicina资源,重点检测自交不亲和性位点和产量稳定性

9.猕猴桃树种质资源:Actinidia属样品,重点检测维生素C含量遗传基础和藤蔓生长特性

10.橄榄树种质资源:Oleaeuropaea材料,重点检测油脂组分多态性和干旱胁迫响应

检测方法

国际标准:

  • ISO21571:2005食品DNA提取和纯化通用方法
  • ISO17025:2017检测实验室能力通用要求
  • ISO20166-3:2018高通量测序数据分析规范
国家标准:
  • GB/T34797-2017植物遗传资源分子检测技术规范
  • GB/T3543.5-1995农作物种子检验规程真实性鉴定
  • GB/T18654.12-2008养殖鱼类种质检测遗传多样性分析
方法差异说明:国际标准ISO21571强调DNA提取缓冲液成分统一,而国家标准GB/T34797增加样本预处理步骤;ISO17025要求全程质量控制,GB/T18654.12针对特定物种优化参数。

检测设备

1.PCR扩增仪:Bio-RadT100(温度精度±0.1℃,升降温速率2.5℃/s)

2.DNA测序仪:IlluminaNovaSeq6000(通量1.5TB/run,读长2x150bp)

3.凝胶电泳系统:Bio-RadPowerPacHC(电压范围10-300V,电流上限400mA)

4.高速离心机:Eppendorf5430R(最大转速15000rpm,容量4x100ml)

5.紫外分光光度计:NanoDropOne(检测范围2-15000ng/μl,精度±1%)

6.荧光显微镜:OlympusBX53(分辨率0.2μm,荧光通道5个)

7.恒温培养箱:MemmertIN55(温度范围0-70℃,均匀度±0.5℃)

8.自动核酸提取仪:QiagenQIAcube(通量96样本/批次,提取效率≥95%)

9.实时荧光定量PCR仪:AppliedBiosystemsQuantStudio5(多色检测通道6个,动态范围10^7)

10.生物信息学工作站:DellPrecision7865(CPU核心128线程,内存1TB)

11.冷冻干燥机:ChristAlpha2-4(真空度0.001mbar,冷凝温度-80℃)

12.超低温冰箱:ThermoScientificTSX(温度-86℃,容量700L)

13.恒温摇床:Innova44(转速范围20-500rpm,温度控制5-80℃)

14.超纯水系统:Milli-QIQ7000(电阻率18.2MΩ·cm,产水速率2L/h)

15.电泳电源供应器:Bio-RadPowerPacBasic(输出电压300V,电流400mA)

北京中科光析科学技术研究所【简称:中析研究所】

报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期:7~15工作日,可加急。

资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试:支持定制化试验方案。

售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

注意:因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外).

CMA/CNAS等证书详情,因时间等不可抗拒因素会发生变更,请咨询在线工程师.

合作客户(部分)

1、自创办以来和政、企、军多方多次合作,并获得众多好评;

2、始终以"助力科学进步、推动社会发展"作为研究院纲领;

3、坚持科学发展道路,统筹实验建设与技术人才培养共同发展;

4、学习贯彻人大精神,努力发展自身科技实力。

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