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动物粪便微生物多样性检测

原创
发布时间:2025-08-14 09:52:32
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检测项目

微生物群落组成分析:

  • 细菌丰度分布:相对丰度≥0.01%、优势菌属占比(参照QIIME2流程)
  • 真菌分类群鉴定:属级分辨率、子囊菌门比例≥5%
  • 古菌多样性:甲烷菌丰度(Methanobrevibacterspp.计数)
多样性指数计算:
  • 香农多样性指数:H'值范围1.0-5.0(参照Shannon公式)
  • 辛普森多样性指数:1-D值≥0.8、均匀度指数E≥0.7
  • 系统发育多样性:PD值(参照Faith'sPD)
功能基因检测:
  • 抗生素抗性基因:ARGs丰度(如tetA、blaCTX-M,检出限0.001copies/μL)
  • 代谢通路预测:KEGG通路丰度(如碳水化合物代谢≥10%)
  • 氮循环基因:amoA、nirK基因计数(参照MetaCyc数据库)
病原微生物筛查:
  • 肠道病原菌检测:沙门氏菌属丰度、大肠杆菌O157:H7(检出限10CFU/g)
  • 病毒筛查:轮状病毒、诺如病毒(Ct值≤35)
  • 寄生虫鉴定:隐孢子虫卵囊计数(参照ISO18744)
抗生素抗性分析:
  • 多重抗性基因:MGEs丰度(如整合子intI1)
  • 抗性表型关联:MIC值测定(如氨苄西林≥32μg/mL)
  • 抗性传播风险:水平基因转移频率(参照CARD数据库)
丰度分布测试:
  • 核心微生物群:丰度稳定性(CV≤15%)
  • 稀有物种检测:OTUs数≥1000(参照97%相似度)
  • 季节变化分析:丰度波动率≤20%
群落结构比较:
  • β多样性分析:Bray-Curtis距离(参照PCoA)
  • 相似度聚类:ANOSIMR值≥0.5
  • 差异物种鉴定:LEfSeLDAscore≥3.0
环境因子关联:
  • 饲料影响检测:普氏菌属丰度与粗纤维关联(R²≥0.6)
  • 温度响应:微生物活性变化(Q10值1.5-2.5)
  • pH相关性:放线菌门比例(pH6.0-8.0)
系统发育分析:
  • 进化树构建:NJ树bootstrap值≥70
  • 分类单元鉴定:LTP数据库匹配度≥95%
  • 祖先状态重建:ML算法(参照RAxML)
代谢功能预测:
  • 酶活性测试:CAZy家族丰度(如GHs≥5%)
  • 短链脂肪酸:乙酸产量≥10mM(参照GC-MS)
  • 能量代谢基因:atpD、sdhA计数

检测范围

1.猪粪便样本:涵盖育肥猪和母猪粪便,重点检测肠道病原菌(如沙门氏菌)丰度和益生菌(如乳酸杆菌)平衡,测试抗生素使用影响。

2.牛粪便样本:包括奶牛和肉牛粪便,侧重瘤胃微生物多样性(如纤维降解菌)和甲烷产生菌(甲烷杆菌属)分析,监测温室气体排放关联。

3.禽类粪便样本:涉及鸡、鸭等家禽粪便,关注沙门氏菌、弯曲杆菌等食源性病原体筛查,以及抗性基因传播风险。

4.宠物粪便样本:包含犬、猫粪便,检测人畜共患病微生物(如弓形虫、贾第鞭毛虫)和肠道菌群健康指数。

5.野生动物粪便样本:如鹿、熊粪便,研究自然生态微生物组成,重点分析稀有物种(如放线菌)和环境适应机制。

6.发酵动物粪便样本:堆肥或沼气发酵粪便,测试降解微生物(如芽孢杆菌)群落变化和功能基因(纤维素酶)丰度。

7.水产动物粪便样本:包括鱼、虾粪便,检测水质污染指示菌(如大肠杆菌)和抗生素残留关联微生物。

8.实验室模拟粪便样本:人工合成粪便基质,用于方法验证和标准曲线建立,侧重重复性和检出限。

9.历史粪便样本:考古或冻存标本,分析古微生物组成(如芽孢杆菌孢子)和进化研究。

10.实验动物粪便样本:如小鼠、大鼠粪便,在可控条件下检测微生物干预效果,关注多样性指数和代谢通路。

检测方法

国际标准:

  • ISO16140-2:2016微生物分子检测方法(强调高通量测序和qPCR)
  • ISO18744:2015寄生虫卵囊检测(采用显微镜和PCR确认)
  • ISO21528-2:2017肠杆菌科定量(基于培养和测序)
国家标准:
  • GB/T38502-2020动物粪便微生物检测方法(侧重16SrRNA测序和培养法)
  • GB/T4789.31-2020食品微生物分子检测(适用于粪便病原菌筛查)
  • GB/T33682-2017微生物多样性分析(使用OTU聚类和指数计算)
(国际标准如ISO16140-2优先高通量技术,国标GB/T38502-2020整合传统培养法差异;ISO方法通量高但设备要求严,国标更易普及但灵敏度略低)

检测设备

1.高通量测序仪:IlluminaNovaSeq6000(通量最高20Gb,读长2x150bp)

2.实时荧光定量PCR仪:Bio-RadCFX96(温度精度±0.1℃,通道数6)

3.显微镜:OlympusBX53(放大倍数1000x,分辨率0.2μm)

4.离心机:Eppendorf5430R(转速15000rpm,容量50mL)

5.核酸提取仪:QIAGENQiaCube(通量24样本/批,回收率≥95%)

6.凝胶成像系统:Bio-RadChemiDoc(灵敏度0.1ngDNA,UV透射)

7.恒温培养箱:MemmertIN110(温度范围4-60℃,精度±0.5℃)

8.气相色谱质谱联用仪:Agilent8890/5977B(检测限0.1ppm,扫描速度20Hz)

9.生物分析仪:Agilent2100(DNA/RNA完整性数≥7)

10.超低温冰箱:ThermoScientificTSX(温度-80℃,容量700L)

11.厌氧培养系统:DonWhitleyDG250(O₂浓度≤0.1%,CO₂控制)

12.酶标仪:TecanInfiniteM200(波长范围230-1000nm,精度±1%)

13.超声波破碎仪:Scientz-IID(功率650W,频率20kHz)

14.纯水系统:MilliporeMilli-Q(电阻率18.2MΩ·cm)

15.生物安全柜:EscoAirstream(洁净度Class100,风速0.5m/s)

北京中科光析科学技术研究所【简称:中析研究所】

报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期:7~15工作日,可加急。

资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试:支持定制化试验方案。

售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

注意:因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外).

CMA/CNAS等证书详情,因时间等不可抗拒因素会发生变更,请咨询在线工程师.

合作客户(部分)

1、自创办以来和政、企、军多方多次合作,并获得众多好评;

2、始终以"助力科学进步、推动社会发展"作为研究院纲领;

3、坚持科学发展道路,统筹实验建设与技术人才培养共同发展;

4、学习贯彻人大精神,努力发展自身科技实力。

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